Первая начальная школа в г. Алзамае была открыта в 30-е годы. Находилась она по ул. Первомайская (позже в этом здании было инфекционное отделение больницы, а в начале 90-х годов – вечерняя школа). Школа была мала и у одного из жителей города был куплен дом , расположенный по улице Черняева, в котором разместились еще 2 класса. Директором начальной школы был Подойницын Хрисанф Семенович.
Росло население, дети из соседних деревень приезжали учиться в Алзамай, поэтому необходимо было строить новую школу. И в 1936 году было построено здание семилетней школы, директором которой стал учитель физики Дорофеев Иван Иванович.
Летом 1956 года военнослужащими железнодорожного стройбатальона по улице Комсомольская, 8 построено трёхэтажное кирпичное здание новой школы №3.
И с 5 октября 1956 года в новой школе начались занятия. А в прежнем здании планировали открыть филиал Иркутского лесотехникума, а затем открыли школу№5.
За годы существования школы директорами были:
Погребняк Алексей Федорович (с 1950 г.), Королев Кирилл Зиновьевич, Пендриков Иван Романович, Евтухов Петр Егорович, Михалев Петр Егорович, Матвеев Никалай Васильевич, Лякс Галина Тимофеевна, Искрастинская Галина Петровна.
С 1994 года директором школы работает учитель физики Марженакова Любовь Федоровна. В данное время в школе обучается 322 человека.
Выпускники школы:
10 учителей, которые и работают в ней